Im Vorjahr hatte ihn Papst Gregor IX. aus der Gemeinschaft der Gläubigen ausgeschlossen, da der Staufer sein Kreuzzugsversprechen gebrochen hatte. Daß der Herrscher bereits aufgebrochen war und ihn eine Seuche, die sein Heer und auch ihn heimsuchte, zur Umkehr zwang, interessierte den Pontifex nicht. Im christlichen Europa war dies für einen Regenten ein schwerer Schlag. Doch der exkommunizierte Friedrich ging daran, die von den Moslems besetzten Pilgerstätten der Christenheit zurückzugewinnen.
Seine Bemühungen gipfelten im Vertrag von Jaffa mit Sultan al-Kamil. Sozusagen am Verhandlungstisch eroberte er Jerusalem, Betlehem und Nazareth. Auch das war ungewöhnlich. Üblicherweise versuchten Kreuzritter, mit dem Schwert das Heilige Land zu befreien.
Sizilien hatte Vorrang
Dieser diplomatische Erfolg sollte jedoch den Papst nicht dazu bewegen, Friedrich wieder in den Schoß der Kirche aufzunehmen. Erst 1230 konnte ein vorübergehender Ausgleich zwischen geistlicher und weltlicher Macht erzielt werden.
Doch war auch das für Friedrich auf Dauer keine Lösung mit dem Heiligen Stuhl, zu kompliziert war die Gemengelage in Italien. Dabei spielte das Königreich Sizilien, das der Monarch erbte, eine entscheidende Rolle. Denn so wurde der Kirchenstaat, in dem der Pontifex herrschte, von Territorien des Kaisers in die Zange genommen.
In den ersten Jahren seiner Herrschaft sicherte der Regent seine Herrschaft im Süden. Dazu gehörte auch der Kampf gegen Moslems auf Sizilien in den Jahren 1222 bis 1225. Dieses Kapitel wird häufig unterschlagen, wenn auf die spätere religiöse Toleranz Friedrichs Bezug genommen wird, da sich an seinem Hof islamische und jüdische Gelehrte aufhielten.
Nachdem er seinen südlichen Herrschaftsraum geordnet hatte, war Friedrich ab den späten zwanziger Jahren des 13. Jahrhunderts in Norditalien in der Auseinandersetzung mit den dortigen Kommunen gebunden. Dort bildeten unter anderem Mailand, Bologna, Brescia, Mantua, Padua, Vicenza und Treviso den lombardischen Städtebund gegen ihn.
So zogen die Jahre ins Land und das territoriale Zentrum seiner Herrschaft, das Heilige Römische Reich Deutscher Nation, wartete auf seinen Herrscher. 1235 zog Friedrich schließlich nördlich der Alpen, um zunächst den Konflikt mit seinem Sohn Heinrich zu beenden. Nachdem dieser exkommuniziert worden war, unterwarf er sich seinem Vater. Friedrich ließ seinen Sohn einkerkern. Das Verließ sollte er nicht mehr lebend verlassen. Nach siebenjähriger Haft verstarb er.
Der Tod kam überraschend
In der Forschung ist diese unerbittliche Haltung Friedrichs als Resultat seiner Erziehung in Italien gewertet worden. Anders als im Norden setzten die dortigen Herrscher auf unnachgiebige Härte und nicht auf Verhandlungen und Ausgleich.
Friedrichs Aufenthalt im Reich blieb jedoch nur eine vergleichsweise kurze Episode. Ab 1239 bestimmte wieder der Kampf mit den norditalienischen Städten um Einfluß und Macht sein Handeln. In dem Zusammenhang steht auch die 1239 erfolgte erneute Exkommunikation des Staufers. Sie sollte bis zu dessen Tod andauern. Die damit einhergehende Verteufelung Friedrichs in der päpstlichen Propaganda sollte sein Bild auch über den Tod hinaus bestimmen. Der kam am 13. Dezember 1250 allerdings überraschend. Wahrscheinlich starb er an Typhus oder einer Blutvergiftung.
Schon kurz nach seinem Ableben betrieben seine Anhänger eine Verklärung, die schließlich in der Legende gipfelte, er ruhe unter dem Kyffhäuser und werde einst wiederkehren. Im 19. Jahrhundert wurde diese Rolle seinem Großvater Friedrich Barbarossa zugesprochen.
Friedrich blieb der Norden fremd
Das Wirken Friedrichs II. wurde von preußischen Historikern wie Leopold von Ranke negativ bewertet. Nach seiner Ansicht konnte der Kaiser „kaum noch für einen Deutschen“ gehalten werden“. Als „fast schon Fremder bestieg er den Thron, durch und durch als Sizilianer“.
Auch wenn die moderne Forschung ein differenziertes Bild des Staufers zeichnet, nicht zuletzt wegen der inneren Konflikte und dem Dauerstreit mit dem Papst konzentrierte er sich auf Italien. Der Norden blieb ihm fremd.
Es bleibt die Frage, wie sich die deutsche Geschichte entwickelt hätte, wenn Friedrich auf sein sizilianisches Erbe verzichtet und sich um das Reich im Norden gekümmert hätte. Hätte Deutschland womöglich eine ähnliche Entwicklung wie England und Frankreich genommen und wäre nicht die „verspätete Nation“ geworden?